Durante suas viagens, Ginko encontra várias pessoas únicas: aquelas amaldiçoadas pelas circunstâncias e aquelas que mantêm uma frágil simbiose com os Mushi, inevitavelmente confrontando a questão de se a humanidade, pode lidar com a responsabilidade do invisível. Além disso, como um Mushi-shi, Ginko deve aprender mais sobre esses seres estranhos e decidir se tem o direito de interferir nas complexas relações entre os Mushi e a humanidade.
Temporada 2 de MUSHI-SHI, com 20 episódios, estreou em 05/04/2014.
T2 E1Banquete na Borda da Floresta 05/04/2014
T2 E2A concha gorjeante 12/04/2014
T2 E3Abaixo da neve 19/04/2014
T2 E4A mão que acaricia a noite 26/04/2014
T2 E5Lago Espelhado 03/05/2014
T2 E6Ilusão Floral 10/05/2014
T2 E7Chuva sem nuvens 24/05/2014
T2 E8Elevador de Vento 07/06/2014
T2 E9Vale da Maré Nascente 14/06/2014
T2 E10Profundezas do inverno 21/06/2014
T2 E11Almofada de grama 19/10/2014
T2 E12Escuridão Perfumada 26/10/2014
T2 E13Carmesim persistente 02/11/2014
T2 E14Enseada Escondida 09/11/2014
T2 E15Fio de Luz 16/11/2014
T2 E16Mar de estrelas do outro mundo 23/11/2014
T2 E17Águas Azure 30/11/2014
T2 E18Fim do Relâmpago 07/12/2014
T2 E19Grama de lama 14/12/2014
T2 E20Árvore da Eternidade 21/12/2014