Um novo inimigo aparece no Digimundo, Digimon Kaiser, e ele quer controlar todos os Digimon. Os poderes do Digimon Kaiser impedem que Agumon e os outros Digimons digivoluam, causando muitos problemas. Mas uma nova geração de heróis surge.
Temporada 2 de Digimon, com 50 episódios, estreou em 02/04/2000.
T2 E1Aquele que encontra a coragem 02/04/2000
T2 E2O Digiportal se Abre 09/04/2000
T2 E3Vai Digiovo! 16/04/2000
T2 E4O Rei das Trevas Imperador Digimon 23/04/2000
T2 E5Destruam a Torre Negra 30/04/2000
T2 E6Piquenique Perigoso 07/05/2000
T2 E7A Lembrança de Kari 14/05/2000
T2 E8A Solidão do Imperador Digimon 21/05/2000
T2 E9O Poder Mágico do Anel Negro 28/05/2000
T2 E10MetalGreymon Ataca 04/06/2000
T2 E11Lighdramon o Trovão Azul 11/06/2000
T2 E12Bangue Bangue no Oeste Digimon 18/06/2000
T2 E13O Uivo de Dragomon 25/06/2000
T2 E14Shurimon o Lutador Ágil 02/07/2000
T2 E15As Artes Marciais de Shurimon 16/07/2000
T2 E16Submarimon Fuga do Oceano 23/07/2000
T2 E17Memorial de Odaiba 30/07/2000
T2 E18A Base do Imperador Digimon 06/08/2000
T2 E19Kimeramon o Monstro Composto 13/08/2000
T2 E20A Milagrosa Digievolução Gold Magnamon 20/08/2000
T2 E21Adeus Ken 27/08/2000
T2 E22A Digievolução Corajosa ExVeemon 03/09/2000
T2 E23Quando o Digivice é Tocado pelas Trevas 10/09/2000
T2 E24Ankylomon o Guerreiro da Terra 17/09/2000
T2 E25Aquilamon o Cavaleiro do Céu 24/09/2000
T2 E26
T2 E27O Nascimento de Paildramon 08/10/2000
T2 E28A Armadilha do Mestre dos Insetos 15/10/2000
T2 E29O Fracasso da Mulher Aranha 22/10/2000
T2 E30O Nascimento de BlackWarGreymon 29/10/2000
T2 E31Entendendo Um ao Outro Surge Silphymon 05/11/2000
T2 E32As Ruínas Misteriosas 12/11/2000
T2 E33Pânico em Kyoto 19/11/2000
T2 E34Protegendo os Pontos Sagrados 26/11/2000
T2 E35A Agonia de BlackWarGreymon 03/12/2000
T2 E36Shakkoumon o Anjo Resistente 10/12/2000
T2 E37O Segredo de Tintiromon 17/12/2000
T2 E38Festa de Natal Digimon 24/12/2000
T2 E39O Nascimento de Imperialdramon 24/12/2000
T2 E40Operações em Nova York e Hong Kong 14/01/2001
T2 E41Operações no Mar de Coral e em Versalhes 21/01/2001
T2 E42Operações no México e na Rússia 28/01/2001
T2 E43O Ataque das Forças do Mal de Demon 04/02/2001
T2 E44A Batalha contra os Digimaus 11/02/2001
T2 E45O Portal da Escuridão 18/02/2001
T2 E46BlackWarGreymon contra WarGreymon 25/02/2001
T2 E47O Selo de BlackWarGreymon 04/03/2001
T2 E48O Terror de MaloMyotismon 11/03/2001
T2 E49A Última Hiper Digievolução 18/03/2001
T2 E50Nosso Querido Digimundo 25/03/2001