Temporada 3 de Heroes, com 25 episódios, estreou em 22/09/2008.
T3 E1A Segunda Vinda 22/09/2008
T3 E2O Efeito Borboleta 22/09/2008
T3 E3Um de Nós, Um Deles 29/09/2008
T3 E4Eu sou a Morte Futura 06/10/2008
T3 E5Anjos e Monstros 13/10/2008
T3 E6A Morte da Luz 20/10/2008
T3 E7Eris Quod Sum 27/10/2008
T3 E8Vilões 10/11/2008
T3 E9Está Vindo 17/11/2008
T3 E10O Eclipse - Parte 1 24/11/2008
T3 E11O Eclipse - Parte 2 01/12/2008
T3 E12Nosso Pai 08/12/2008
T3 E13Dualidade 15/12/2008
T3 E14Um Perigo Claro e Presente 02/02/2009
T3 E15Confiança e Sangue 09/02/2009
T3 E16Prédio 26 16/02/2009
T3 E17Guerra Fria 23/02/2009
T3 E18Exposto 02/03/2009
T3 E19Tons de Cinza 09/03/2009
T3 E20Frente Fria 23/03/2009
T3 E21No Esconderijo 30/03/2009
T3 E22Vire-se e Enfrente o Desconhecido 06/04/2009
T3 E231961 13/04/2009
T3 E24Eu sou Sylar 20/04/2009
T3 E25Uma Linha Invisivel 27/04/2009